كشف تقرير محكمة الحسابات الصادر حول عمليات المراقبة خلال أعوم 2019-2020-2021، عن استعادة بعض المبالغ التي تحصلت عليها الوكالة الوطنية لسجل السكان والوثائق المؤمنة من إيرادات دخول الأجانب المعفيين من تأشيرات الدخول على مستوى مختلف مراكز العبور، وتنقل اللاجئين الماليين، وإيرادات مراكز استقبال المواطنين، وذلك عبر ثلاث دفعات.
- الدفعة الأولى تتعلق بالمبالغ التي تحصلت عليها الوكالة الوطنية للإحصاء من إيرادات دخول الأجانب المعفيين من تأشيرات الدخول على مستوى مختلف مراكز العبور، وتبلغ 7196243 أوقية جديدة (مقابل 114982000 فرانك)، وأودعه المحاسب بتاريخ 15/07/2020، رقم المخالصة: C00058260.
- الدفعة الثانية والتي تبلغ 6.6 مليون أوقية جديدة، (مقابل 12593500 فرانك إفريقي)، ويتعلق بإيرادات مركز استقبال المواطنين، وقد أودعه الإداري المدير العام للوكالة بعد طلب من المحكمة، وكان ذلك بتاريخ 01/12/2020.
- الدفعة الثالثة المتعلقة بتنقل اللاجئين الماليين وتبلغ 391994 أوقية جديدة، وأودعها المحاسب، رقم  المخالصة: A03452675.
محكمة الحسابات أوصت بإعادة صياغة الإطار القانوني عن طريق تحقيق تجانس يضمن دمج كافة إيرادات ونفقات الوكالة، بما فيها المتعلقة بالاتفاقيات، والسهر على الشفافية في التسيير عبر احترام النصوص المنظمة للطلبيات العمومية، خاصة تلك المتعلقة بالصفقات العمومية.